Fondón sufrió una expansión importante en la primera mitad del siglo XIX, debido a la llegada de familias de mineros para trabajar en las diferentes minas de plomo de la Sierra de Gádor. En un primer momento el pueblo se expandió hasta el llamado Barrio Nuevo, actualmente conocido como Barrio de San Marcos. En este mismo barrio y anterior a la construcción de la ermita, el lugar estaba ocupado por una antigua cruz de San Marcos, que se remontaba a los tiempos de la Repoblación del siglo XVI.
Con los nuevos vecinos se decidio construir una humilde ermita en honor a San Marcos y así sustituir la antigua y vieja cruz de más de tres siglos de antiguedad. Posteriormente la ermita entro en una etapa de abandono, utilizándose como corral para las bestias y donde se adosó una casa que actualmente ya no existe .
En su interior guarda las imágenes de San Marcos, San Isidro y Santa María de la Cabeza.
