En 1771, Juan Luis de Ortega, veedor de las iglesias de la diócesis de Granada, dio las condiciones para la construcción de la nueva iglesia de Lucainena, entre las que incluye el mandato del arzobispo Escolano de hacer un nicho junto al altar mayor para colocar las reliquias del niño Gonzalico, martitizado en la rebelión de los moriscos (1568-1571).
Los vecinos de Lucainena habían solicitado al arzobispo que se edificara una iglesia, obligándose a traer a su costa la piedra y arena al pie de la obra.
La obra de albañilería corrió a cargo de Diego de Vargas y la carpintería fue ejecutada por Pedro López de Urra, mientras que para el control de los materiales y las certificaciones fue nombrado obrero el doctor D. Fernando de Quesada, sustituido en 1672 por el licenciado D. Juan de Salazar, canónigo magistral de la iglesia colegial de Ugíjar.
Las obras fueron tasadas en 1674 por el veedor José Granados de la Barrera. En la segunda mitad del S. XVIII la iglesia fue ampliada con la construcción de una capilla mayor, torre y sacristía, que, ante la falta de espacio tras la cabecera, se levantó a los pies, invirtiendo la orientación del templo y convirtiendo la antigua sacristía en capilla bautismal.
Es un ejemplo de la pervivencia de la tradición mudéjar en el ámbito rural.
