La actual iglesia de la Santa Cruz, de Canjáyar es una reconstrucción de la anterior, destruida en gran parte por el seísmo de 1804, que estaba edificada sobre la antigua mezquita cuyo muro de la qibla se situaba en la actual entrada. El día 19 de abril de 1611, con la realización de unas obras de reforma en el baptisterio del templo, apareció una cruz en uno de sus muros.
No fue creído el sacristán por el pueblo, ni por el párroco. Insistía el sacristán y al fín excavaron el muro del templo en la parte inmediata al baptisterio y fue encontrada la reliquia de la Santa Cruz, a la que el pueblo desde entonces le rindió profunda veneración. Era el día 19 de abril de 1611.
Todos concuerdan que la reliquia fue traída por un peregrino a Canjáyar, probablemente durante la sublevación morisca de 1568 y algún cristiano la escondió en el muro del baptisterio para que no fuera profanada. Allí permaneció oculta todo el tiempo, hasta su descubrimiento tras el sueño del sacristán Juan Matías.
Hicieron voto todos los vecinos de Canjáyar de rendir culto a la santa Cruz, festejándola el día de su aparición, el 19 de abril. Se han hecho muchas reformas a través del tiempo, en lo que atañe al templete. Podemos decir que desde que empezó a venerarse la Santa Cruz y llevada en procesión al templete, el 19 de abril, el pueblo entero honra a su Cruz en el Templete de la llamada Cruz Blanca.
