La Estación fue construida por la Compañía de los Caminos de Hierro del Sur de España como parte del ferrocarril Linares-Almería, que para 1899 ya se encontraba operativo. La estación se construyó entre 1890 y 1893, siendo completada en este año. Hacia 1908 se proyectó un ramal ferroviario que partiría de esta estación a la localidad de Canjáyar, obra que nunca llegó a realizarse. En 1911 pasaría por la Estación el Primer Tren Eléctrico de España, para lo cual se construyó una pequeña central eléctrica bajo el puente contiguo, ello se debió a la electrificación de un tramo de la línea para así poder emplear locomotoras eléctricas con mayor potencia. El proyecto de electrificación contemplaba el empleo de corriente trifásica de 6000 voltios a 25 hercios, transmitida a la línea por medio de dos cables suspendidos y los carriles como tercer conductor. La tracción correspondería a 7 pequeños tractores construidos por Brown Bovery et Cie en la parte eléctrica y Ateliers en la mecánica. En cada tractor iba montado un transformador de 300 kw. de potencia unihoraria y dos motores con potencia de 160 cv. en marcha normal y 440 en marcha forzada. Los únicos regímenes de velocidad posibles eran de 12,5 y 25 km.h, independientemente de la carga o la pendiente, por lo que no eran aptos para los trenes de viajeros.
Debido a este hecho, en la estación de Santa Fe se estableció un pequeño depósito de locomotoras de vapor, debido a que en Santa Fe se producía el cambio de tracción eléctrica a vapor para los convoyes ferroviarios que circulaban por este tramo de la línea. En 1929 la estación, al igual que la línea Linares-Almería, pasó a manos de la Compañía de los Ferrocarriles Andaluces.
En 1936, durante la Segunda República, «Andaluces» fue incautada por el Estado debido a sus problemas económicos, y asignada la gestión de sus infraestructuras a la Compañía Nacional de los Ferrocarriles del Oeste. Esta situación no duró mucho, ya que en 1941, con la nacionalización de todos los ferrocarriles de ancho ibérico, la estación pasó a manos de la recién creada RENFE.
La Estacion contaba con Edificio Viajeros, muelle de carga, Cocherones, Edificio comunicaciones y mantenimiento, Cubato y Subestacion Electrica..otros elementos han desaparecido.. Desde enero de 2005, con la extinción de RENFE, el ente Adif es el titular de las instalaciones ferroviarias.
Hoy día el Edifico de Viajeros esta alquilado a un Particular que lo mantiene bien conservado.
Fotos de: Joaquín Berenguel
